As fundações de apoio possuem a finalidade de apoiar projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação, inclusive na gestão administrativa e financeira necessária à execução desses projetos, vinculados às Instituições Federais de Ensino Superior e demais Instituições Científicas, Tecnológicas e de Inovação, conforme definição do art. 1º da Lei nº 8.958/1994 (Lei das Fundações de Apoio).
Há importante ganho de eficiência para as instituições apoiadas, em razão da flexibilidade na gestão de recursos vinculados aos projetos por parte da fundação de apoio, agilizando a execução de acordos, convênios, contratos e outros instrumentos firmados com as IFES e ICTs apoiadas. A atuação da Fundação PaqTcPB tem fortalecido a infraestrutura e a capacidade de pesquisa das suas instituições apoiadas: